El IIDS es miembro impulsor y tiene la coordinación del Programa Internacional de Intercambio en Multiculturalidad, Pluralismo Jurídico y Derecho Indígena. El Programa consiste en una red conformada por diversas instituciones universitarias y organizaciones afines que tienen programas de enseñanza, investigación o incidencia en tales materias, y participan en sistemas de intercambios y cooperación mutua.

El Programa tiene como fin promover los derechos de los pueblos indígenas, minorías y otros colectivos, y el ejercicio de su propio derecho.  El Programa promueve el fin de las políticas indigenistas asimilacionistas e integracionistas inscritas en un modelo tutelar de los pueblos indígenas, y postula un modelo de Estado Pluralista. El Programa propugna el respecto de la multiculturalidad, el pluralismo legal, el diálogo intercultural y la articulación democrática de la diversidad, en la perspectiva de construir un Horizonte Pluralista.

El Programa tiene tres componentes:
1.    Un Programa Internacional de Intercambio Interuniversitario, que es el núcleo académico del Programa;
2.    Un Observatorio con cuatro áreas de observación e incidencia, y
3.    Una línea de Apoyo técnico al Relator de Pueblos Indígenas y otras agencias especializadas.